Ваш лучший выбор может быть GhostScript (интерпретатор Postscript для PDF), но я не могу точно сказать вам, как это сделать, поэтому вам придется провести некоторое исследование. Вы можете начать здесь
Вы можете попробовать веб-сервис, подобный этому (хотя бы с ограничением 2 Мб), и почти все коммерческие редакторы позволяют сохранять в формате PDF / A либо в функции «Сохранить как ...», либо в свойствах документа.
DocuPrinter Pro: http://neevia.com/products/dppro/
Acrobat Pro: http://blogs.adobe.com/acrolaw/2011/05/using-save-as-to-to-conform-to-pdfa/
Твердые документы "PDF в PDF / A": http://www.soliddocuments.com/convert/PDF-to-PDF-A/303/11