Вам нужно взаимодействовать с разработчиками. Возьмите дамп процесса во время зависания и передайте его разработчикам, которые должны быть в состоянии определить, что делает приложение.
не выполняются ни сетевые, ни жесткие диски
Вы уверены, что короткие операции могут быть очень легко пропустить. Действительно нужно проверить с помощью соответствующего программного обеспечения для мониторинга.
Был ли пакет обновлений на прошлой неделе
Последнее обновление для .NET (я применил здесь) было обновлением безопасности MS10-060, выпущенным с августовским пакетом (здесь я не видел проблем), но это было несколько недель назад.