Я связался со службой поддержки Slack, и они сказали:
К сожалению, это действительно раздражающая ошибка в настольном приложении. Когда новое обновление установлено, оно помещается в свой собственный подкаталог в папке Slack внутри вашей папки% localappdata%.
После этого Windows выбирает эту новую версию как новое приложение и возвращает ее обратно в скрытую область вашего трея. Это то, что мы надеемся исправить в будущем выпуске, скорректировав наши обновления. К сожалению, у меня нет ETA, когда это изменение может произойти