Robocopy по умолчанию должен копировать все содержимое, независимо от того, что они есть. Если вы имеете в виду рекурсивно во всех подкаталогах, используйте /E
:
robocopy C:\dir D:\backupdir /E
Вы можете найти полный список всех доступных переключателей здесь .