Что ж, получается, что проблема заключается в источнике часов, используемом kvm в хост-системе. Посмотрите на вывод:
$ cat /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/current_clocksource
если это tcs
или tcs_early
вы нашли виновника, замените его на один из других доступных источников часов в вашей системе:
$ cat /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/available_clocksource
Например, hpet (высокопроизводительный таймер событий):
$ echo hpet | sudo tee /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/current_clocksource