У почтового индекса Cygwin есть ключи командной строки -F и -FF. Их можно использовать, если некоторые части архива отсутствуют.
Используйте zip -F broken_archive -F --out fixed_archive.zip
для создания нового ZIP-файла, который содержит те же файлы с жестко установленным CRC, а затем извлеките обычный путь из нового архива.