Командная строка Windows - это просто приложение, это не интерфейс с параметрами конфигурации системы, хотя вы можете установить или настроить систему с помощью команд командной строки.
Что mode COMxнужно сделать, так это настроить параметры для приложений, запускаемых через этот конкретный экземпляр командной строки. Если вы сделаете echo "hello" >COMxпосле использования modeкоманды, то она будет использовать настройки, которые вы настраиваете.
Каждая программа «видит» непротиворечивую и «чистую» конфигурацию COM-порта на основе значений по умолчанию, установленных в диспетчере устройств. Впоследствии вы можете настроить COM-порт в приложении, но это не повлияет на настройки по умолчанию.