Ваш ~ / .profile или ~ / .bash_profile получены из процесса входа в систему. Оболочка, которую вы запускаете в окне терминала, запускается в другом процессе, который является потомком процесса входа в систему. Некоторые параметры, заданные процессом входа в систему, экспортируются в дочерние процессы, но псевдонимы и определения функций - нет. Вместо этого псевдонимы и функции должны быть определены в файле rc вашей оболочки, в данном случае ~ / .bashrc. Этот файл создается каждым интерактивным процессом bash.
Что касается того, нужно ли вам помещать настройки переменных среды и другой стартовый код в ~ / .profile или ~ / .bash_profile, man bash говорит, что оболочки входа ищут ~ / .bash_profile, ~ / .bash_login и ~ / .profile в этот порядок, и прочитайте первый найденный. Поэтому, если у вас есть ~ / .bash_profile и ~ / .profile, будет прочитан только ~ / .bash_profile, а ~ / .profile будет проигнорирован. То, что вы используете, зависит от вас, но если вы планируете использовать другие оболочки, кроме bash, вы можете поместить свои настройки в ~ / .profile и удалить ~ / .bash_profile.