1) Windows 7 Backup and Restore ничего не сделает с удаленными файлами, если вы обновите резервную копию.
Ваша резервная копия будет обновлена новыми файлами и новыми версиями существующих файлов. Файлы, которые вы удалили с вашего компьютера, останутся в вашем архиве. Вы всегда можете восстановить удаленные файлы из своей резервной копии, как показано здесь: http://windows.microsoft.com/en-US/windows7/Recover-lost-or-deleted-files
2) Зайдите в свой архив и вручную удалите файлы.
Я не могу найти литературу, в которой говорится, что это вызывает проблемы, но я не уверен на 100% в этом. Резервные копии сохраняются в следующем формате: \\ Backup Set. Зайдите в папку и удалите ненужные файлы.