Вы запускали fsck в этой файловой системе? Возможно, повреждена файловая система или диск поврежден в секторах, где эти файлы хранятся.
Я собирался предложить рекурсивную символическую ссылку, но мои краткие эксперименты не могли вызвать поведение, которое вы описали.