Используйте внешний носитель для загрузки, так как это единственный способ. Вы не можете сделать это программно. Согласно Википедии :
Deep Freeze не может защитить операционную систему и жесткий диск, на котором она установлена, если компьютер загружается с другого носителя (например, с внешнего жесткого диска, устройства USB, оптического носителя или сетевого сервера).