При прочих равных условиях диски SATA загружаются в порядке своих портов. Таким образом, SATA1 загружается до SATA2, SATA3 загружается до SATA4 и т. Д.
Когда вы переключали кабели, вы, скорее всего, устанавливали «хорошую» установку Windows на более низкий порт SATA, чем плохая установка.
Большинство материнских плат позволяют вам устанавливать порядок загрузки на дисках SATA, поэтому такое поведение обычно может быть переопределено в BIOS.