Вы можете попробовать Ghostscript :
gs -sOutputFile=output.pdf -dBATCH -dNOPAUSE -sDEVICE=pdfwrite -sPAPERSIZE=a4 -dFIXEDMEDIA -dPDFFitPage -f input.pdf
Измените a4
на любой размер, который лучше соответствует вашим потребностям.
См. Выбор формата бумаги в документации.
Вы должны быть в состоянии установить GhostScript (gs) через программу Cygwin setup.exe
.