если раздел Windows может быть сделан доступным только для таких и таких приложений
В теории да, однако вредоносные программы предназначены для игнорирования таких ограничений.
Возможно, вы могли бы добиться успеха в начале, однако, если бы многие люди использовали эту стратегию, я полагаю, что вредоносные программы тоже быстро адаптировались бы.
Также создание такого положительного списка и всегда предоставлять пароль может быть сложно, есть много программ, которые требуют доступа к данным по разным причинам (защита от вредоносных программ, индексация, дефрагментация диска ...)