Проблема была в косой черте против обратной косой черты. Поэтому решение состоит в том, чтобы использовать разные пути для Windows и Linux:
ifdef SYSTEMROOT UGLIFY=.\node_modules\.bin\uglifyjs JSONLINT=.\node_modules\.bin\jsonlint JEST=.\node_modules\.bin\jest CSSNANO=.\node_modules\.bin\cssnano ESLINT=.\node_modules\.bin\eslint else UGLIFY=./node_modules/.bin/uglifyjs JSONLINT=./node_modules/.bin/jsonlint JEST=./node_modules/.bin/jest CSSNANO=./node_modules/.bin/cssnano ESLINT=./node_modules/.bin/eslint endif