Я думаю, что лучший выход - это восстановить ОС с помощью компакт-диска Windows (даже если это вариант, который вы пытаетесь избежать), загрузить последнюю версию SP (для Vista это SP2), применить ее и позволить автообновлению сделать все остальное.
Проблема в том, что, как вы сказали, источники файлов различны (например, ОС RTM, SP, автообновления, исправления). Поэтому найти правильную, нетронутую, легальную версию было бы слишком утомительно.