Файловая система linux по умолчанию, ext4, распределяет файлы настолько далеко друг от друга, насколько это возможно, чтобы помочь против фрагментации (поэтому вам не нужно так часто выполнять дефрагментацию). Побочным эффектом является то, что ваши головки HDD будут много путешествовать. Вы можете попробовать другую файловую систему, например exFAT, если это приемлемо.
Для получения дополнительной информации см. Нужно ли дефрагментировать файловые системы ext4?