В новой версии Synergy (1.4.2) есть хороший графический инструмент для настройки - qsynergy. Он находится в меню «Пуск» (а также в системном трее, когда работает синергия). Это позволяет графически настроить расположение клиентских мониторов вокруг монитора вашего сервера.
Имена, которые вы назначаете мониторам клиентов, должны совпадать с именами, которые клиент дает серверу при подключении. Обычно это имя компьютера, но его можно изменить в конфигурации клиента.