Это неотъемлемая часть протокола BT, так как он разделяет все данные файлов, объединенные в порции, и не учитывает границы файлов. Таким образом, фрагменты в начале / конце выбранных файлов «просачиваются» в соседние файлы.
Что вы МОЖЕТЕ сделать, так это автоматически удалить неполные файлы при удалении элемента из клиента. А именно для rTorrent, с помощью rtcontrol --purge .