Кажется, что решающим моментом является то, что сначала рекурсивно скрывается папка назначения, а в качестве последнего шага - ее скрытие
Так что лучше сначала спрятать все внутри папки и снизу и раскрыть только нужные элементы.
@ECHO OFF cls title Hide everything but useful shortcuts and program files attrib +h "%CD:~0,3%Fix It Files\*" /S /D attrib -h "%CD:~0,3%Fix It Files\Program Files" /S /D attrib -h "%CD:~0,3%Fix It Files\%CD:~0,1% Shortcuts" /S /D exit