У меня тоже была такая же проблема, и я никогда не мог понять, в чем дело - думаю, я наконец-то решил ее.
При обновлении NetBeans (или переустановке) обновляются не все записи в реестре Windows. Посмотрите в своем реестре на:
HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\netbeans.exe\shell\open\command
Путь, указанный в поле «Данные», соответствует текущей установленной версии NetBeans?
У меня было другое: у него был путь к более старой версии (NetBeans 6.8). Когда я обновил это значение, чтобы использовать мою последнюю установку (NetBeans 7.0), все было исправлено.
Для правильной оценки я выполнил поиск в своем реестре на предмет дополнительных записей «NetBeans 6.8» и нашел еще одну, которую я тоже обновил - но я понятия не имею, для чего она.