Да.
Bitlocker - это шифрование всего диска (раздела), у него есть собственный загрузчик от начала до конца. Это самое простое решение для шифрования.
У вас даже могут возникнуть проблемы с загрузкой Ubuntu, если на вашей машине установлен чип TPM, поскольку Bitlocker подключается к нему для проверки целостности.
Лучше всего было бы иметь раздел, используемый только для перемещения файлов между двумя системами.
Вы также можете захотеть взглянуть на использование Truecrypt, поскольку это может очень легко достичь того, чего вы хотите. В качестве альтернативы, если вам нужно решение Microsoft, у Microsoft есть опция, называемая EFS (шифрованная файловая система), которая работает очень хорошо и может делать то, что вы хотите, если не немного сложнее в освоении / освоении.
AFAIK, EFS не может быть прочитан из любого NTFS-совместимого драйвера / приложения в Linux, где у вас не должно возникнуть проблем с использованием Truecrypt в кроссплатформенной среде, так что вы можете даже зашифровать все и по-прежнему открывать его в Ubuntu.