Чтобы ответить на ваш вопрос, сделать полное резервное копирование системы с помощью программного обеспечения для создания образов - это самый простой способ, однако, если вы хотите одновременно очистить машину, самый простой способ - это установить новую установку для операционной системы, которая уже должна сократить объем загружаемых обновлений, так как они накапливаются. Apple обновляет свой установочный DVD каждый раз, когда выпускает новый пакет обновления.
Или же загрузите последний пакет обновления и создайте инсталляцию. Для продуктов Windows, таких как vLite и nLite, вы можете добавлять обновления в установку.
Лично я просто запускаю сервер WSUS и обновляю его. Все мои машины загружаются по сети. Для MacOSX я использую аддон для ipCop, который сохраняет обновления локально.