Вы можете использовать самые общие ddв GNU coreutils. Или, может быть partclone.fat(и partclone.restore) в partclone даст вам меньшее изображение.
Я не уверен, действительно ли полезно создать дамп системного раздела EFI. Вы можете воссоздать его с помощью diskpartи bcdboot(загрузившись в командной строке установочного компакт-диска Windows или около того). Дамп может быть бесполезен для вас, так как записи BCD Store внутри могут больше не применяться.