Попробуйте следующую команду:
pandoc -f gfm --toc -s README.md -o r.md
как у меня нормально работало с последней версией pandoc
.
С собственным pandoc README.md
я получил этот ToC:
- [Pandoc](#pandoc) - [The universal markup converter](#the-universal-markup-converter) - [Installing](#installing) - [Documentation](#documentation) - [Contributing](#contributing) - [License](#license)