Хорошо, извините за спам, но публикация этого «на бумаге», кажется, помогла мне прийти к какому-то решению. И это может считаться ответом :)
Прежде всего, я решил, что могу проверить свою Subversion на предмет того, что было проверено последним, чтобы я мог определить последние измененные файлы, при необходимости я могу сравнить их (их не так много).
И еще один момент, я мог бы, вероятно, изменить свой скрипт (так как он уже пересекает структуру папок), чтобы он вызывал winmerge (или в принципе другие инструменты, которые я видел в других постах) из командной строки для всех файлов, которые должны быть проверено. Я не уверен, как это работает, но я думаю, что он может по крайней мере сказать мне, если файлы отличаются.
ОБНОВЛЕНИЕ: я создам сценарий, который изменяет расширения в моих исходных файлах (поскольку я все равно буду продолжать работать с новым расширением файла), а затем я также могу использовать winmerge для проверки различий.
Любые другие комментарии приветствуются.