Используйте% A_Space% вместо
Numpad1:: ClipSave := ClipboardAll Send, ^+^+ Send ^x StringSplit, Commands, Clipboard, %A_Space% Send, local Send, %Commands1% Send, = Send, %Commands2% Return
производит локальный lua = 1 из lua 1 здесь, где дает lu, как вы уже видели :)