Убедитесь, что ваш файл .conf supervisor использует .dll, которую вы опубликовали.
Если вы посмотрите на файл Скотта, как показано ниже, убедитесь, что dll, которую вы опубликовали, является файлом в файле. Для меня это был testweb.dll.
http://www.hanselman.com/blog/PublishingAnASPNETCoreWebsiteToACheapLinuxVMHost.aspx
[program:dotnettest] command=/usr/bin/dotnet /var/dotnettest/testweb.dll --server.urls:http://*:5123 directory=/var/dotnettest/ autostart=true autorestart=true stderr_logfile=/var/log/dotnettest.err.log stdout_logfile=/var/log/dotnettest.out.log environment=ASPNETCORE_ENVIRONMENT=Production user=www-data stopsignal=INT
У меня были другие проблемы, о которых я писал здесь ... https://stackoverflow.com/questions/42243966/asp-net-core-on-ubuntu-16-04-gives-me-bad-gateway