Как заметил Journeyman Geek, перекомпиляция необходима в первую очередь для нацеливания на процессор ARM.
Я нашел несколько шагов, документированных здесь, как это сделать: Компиляция приложений для рабочего стола для Windows RT
Приведенный выше метод создает исполняемый файл ARM, однако при запуске его на устройстве Windows RT выдает следующее сообщение об ошибке:
Windows cannot verify the digital signature for this file
Здесь есть некоторые дополнительные детали относительно возможных способов обойти это сообщение об ошибке: http://forum.xda-developers.com/showthread.php?p=31519618&postcount=1
И продолжающееся обсуждение StackOverflow здесь: https://stackoverflow.com/questions/11151474/can-arm-desktop-programs-be-built-using-visual-studio-2012/
ОБНОВЛЕНИЕ (январь-9-2013) - ЭКСПЛУАТАЦИЯ КЛРОКР
Разработчик по имени clrokr разработал метод, позволяющий запускать произвольные настольные приложения в Windows RT без необходимости подписывать их .
Метод используется путем взлома одного байта в ядре Windows ...
... глубоко в ядре, в разделе хешированных и подписанных данных, защищенном безопасной загрузкой UEFI, находится байт, представляющий минимальный уровень подписи.
Для этого требуется использовать удаленный отладчик каждый раз, когда вы хотите запустить приложение, поэтому его нелегко использовать, но со временем он, вероятно, будет улучшен до такой степени, что появится простой установщик типа джейлбрейка.
Здесь есть еще немного информации о людях, использующих этот метод: http://forum.xda-developers.com/showthread.php?t=1885399