Внутри Thunderbird помечает их как прочитанные, просто сервер игнорирует это.
При использовании POP3 невозможно сообщить серверу о локальном состоянии (чтение / удаление / и т. Д.). Он может идти только в одном направлении - с сервера на компьютер. Так что сервер даже не может знать.
По сути, все, что может сделать POP3: получить количество сообщений; получить список размеров сообщений; скачать сообщение; удалить сообщение с сервера.
(Некоторые серверы POP3 отмечают сообщения как прочитанные на стороне сервера после загрузки их через POP3, но это не очень надежно, и многим это не нравится.)
IMAP4 (тот, который вы используете с Gmail) может делать гораздо больше - папки, загружая только заголовки, поиск, иногда даже общие входящие.