Мастера кукол могут быть перезапущены по желанию (то есть, если у вас нет агентов, пытающихся запустить куклу). Ничего плохого не случится ни с какими сертификатами, ни с конфигурацией, ни с чем-либо еще.
У вас будут проблемы, если вы удалите машину с помощью мастера Puppet и у вас не будет резервных копий. В этом случае после создания нового мастера кукол вам придется заново создать сертификаты для всех машин. (это упрощено, я предполагаю, что у вас есть только 1 мастер марионеток, который также является сервером марионеток)