Хм, трудно помочь без фактической отладки вашего ядра, но если настройка nolapicисправит это, есть большая вероятность, что проблема связана с APIC :-).
Тогда это будет какой-то проблемой (или несовместимостью) с BIOS / mobo, поэтому вы не сможете ничего с этим поделать. Кроме того, установка nolapic не должна полностью отключать 2-е ядро, это только меняет маршрутизацию IQ. Вы убедились, что 2-е ядро действительно выключено?
Если вы хотите отладить это дальше:
Найдите скрипт запуска, который запускает fsck в Ubuntu (в Debian это должно быть похоже на Ubuntu), а затем добавьте несколько дополнительных echos, чтобы сузить область его зависания. Также, дайте fsck опцию "-V" для более подробного вывода. Тогда посмотри куда идти оттуда.
Удачи...