Вы пытались очистить (удалить файлы пакетов и файлы конфигурации ) оба пакета gnome-do и gnome-do-plugins, а затем переустановить gnome-do?
sudo apt-get --purge удалить gnome-do gnome-do-plugins
.. с последующим ..
sudo apt-get autoclean
Затем попробуйте переустановить gnome-do. Это должно смоделировать новую установку gnome-do и, надеюсь, устранить эту проблему.