О, очевидно, есть инструмент для этого, называемый oggz-rip, я считаю, что имя пакета - либо liboggz, либо oggz-tools в зависимости от вашего дистрибутива.
Чтобы извлечь аудио из файла .ogv, вы просто:
oggz-rip -c vorbis input_video.ogv > output_audio.ogg
Или, если вы просто хотите видео и без звука:
oggz-rip -c theora input_video.ogv > output_video.ogv
(в качестве альтернативы команда может быть oggzrip, а не oggz-rip, в зависимости от вашего дистрибутива.)