Видимо, вы можете использовать
-output-directory <wherever>
Чтобы получить каталог текущего файла, вам нужно использовать:
expand('%:h')
но вам нужно написать макрос или функцию, которая может это оценить; что-то вроде:
map ,,p :exe "!pdflatex -output-directory " . expand('%:h') . " %"<CR>