Такое повреждение может произойти, если вы отключите диск до того, как все данные будут записаны. TrueCrypt выступает в роли посредника, шифруя / дешифруя данные на лету во время их чтения / записи. Это не влияет на то, как ваша ОС или программы записывают на диск.
Таким образом, если какая-либо программа write () хранит много данных без flush () и вы отключаете этот внешний жесткий диск, некоторые данные могут быть записаны не полностью в данный момент. Но это не имеет ничего общего с TrueCrypt.
Если Windows или используемая вами программа не обрабатывают съемный носитель каким-либо особым образом, то нет никакой разницы, как монтировать этот диск (за исключением этих надоедливых папок).