Это ужасная идея - продолжать использовать современный жесткий диск, который, как вы знаете, терпит неудачу. Если жесткий диск поврежден настолько, что он открывает поврежденные сектора для конечного пользователя, пришло время заменить диск. Существует очень высокая вероятность того, что в ближайшем будущем накопитель разовьет больше плохих секторов.
Вы говорите об использовании большого количества небольших разделов диска для защиты ваших данных. Это на самом деле не защищает ваши данные вообще. Шифрование жесткого диска будет лучшим средством защиты ваших данных. Если вместо этого вы хотите защитить свои данные от потери, гораздо лучшим подходом будут регулярные проверенные резервные копии ваших данных. Помните, RAID не является резервной копией, хотя если вы запустите RAID5, вы можете пережить отказ одного диска. Если вы используете RAID6, вы можете пережить сбой двух дисков. Ни один не резервная копия.
Теперь я лично разбил свои системы Linux на несколько небольших разделов и небольшое количество больших разделов. В наши дни я просто не считаю нужным использовать несколько небольших разделов. Там не было почти никакой пользы, и довольно хлопот, чтобы настроить все. Но это только мое мнение. Вы можете использовать любой подход, который, по вашему мнению, принесет вам пользу.