Я могу только предположить, что установка не достаточно умна, чтобы увидеть, что после удаления раздела NTFS у вас будет один свободный слот раздела.
Я думаю, вам нужно будет сделать это поэтапно: сначала удалите раздел и зафиксируйте изменения на диске, затем перезагрузите компьютер и установите Fedora на освободившееся пространство.