Метка удаления удаляет пакет, но не файлы конфигурации, связанные с пакетом. Это эквивалентно
apt-get remove package_name Mark for Complete Removal удаляет пакет, т.е. удаляет как файлы пакета, так и его конфигурацию. Это эквивалентно
apt-get --purge remove package_name Из руководства Synaptic Package Manager:
3.2. Удалить пакеты
Файлы конфигурации и созданные пользователем данные (например, веб-сайт в / var / www) по умолчанию не удаляются из системы.
Только Debian : вы можете изменить поведение по умолчанию в настройках.
Только для Debian : чтобы удалить все файлы, связанные с пакетом, выберите «Отметить для полного удаления» вместо «Отметить для удаления».