Пакет ruby - это «оригинальный» пакет, созданный любым разработчиком. Пакет "rubygem" - это пакет, который поставляется и предоставляется компанией Fedora.
Вы должны использовать пакеты, предоставляемые fedora .... если вам не нужна версия, которая не подходит для ваших нужд или когда пакет недоступен. Технические подробности этого можно найти на упаковке ruby .