Если у вас есть «плавающее выделение», вы можете создать простой слой с Layer>To new layer(или Ctrl-shift-N).
У вас есть плавающее выделение, потому что оно было выделено при запуске инструмента. Если выбора нет, поведение отличается, исходный слой преобразуется и плавающий выбор не создается. Такое поведение (общее для всех инструментов преобразования) является AFAIK единственным случаем, когда «нет выбора» и «полный выбор» имеют разные результаты.