Я могу ошибаться, но Javascript может явно открывать окна с панелями инструментов, используя аргумент панели инструментов. Так что, если Javascript содержит что-то вроде этого:
window.open ("c: \ somepage.html", "new_window", "resizable = yes, полосы прокрутки = нет, панель инструментов = да, местоположение = нет, каталоги = нет, статус = нет, menubar = нет, ширина = 520, высота = 200, верх = 5, слева = 5 ")
тогда я думаю, что новый экземпляр IE будет содержать панели инструментов, независимо от ваших настроек.