Вы удалили ссылки на два других файла VDI в конфигурации виртуальной машины? Если какие-либо VDI отсутствуют, и на них по-прежнему указана виртуальная машина, она будет жаловаться.
Избавьтесь от ссылок на них, укажите виртуальной машине на новый объединенный VDI, и вам следует вернуться.