Отвечая на мой собственный вопрос.
Благодаря комментариям Grawity и Kamil Maciorowski мне удалось решить эту проблему:
Что
hdparm -N /dev/sda
сообщает?
Это говорит max sectors = 3907027055/3907029168, HPA is enabled
.
HPA is enabled
это ключ. Расследуй это. Другой вопрос: почему он включен?
Ни один сектор не пошел плохо. Причина была в том, что моя материнская плата Gigabyte включила HPA (защищенную область хоста) на диске для резервного копирования своего BIOS. Вероятно, это было сделано после того, как я случайно попытался загрузиться с диска.
Чтобы снова отключить HPA, я использовал, hdparm -N p3907029168 /dev/sdc
который постоянно устанавливает максимальное количество секторов /dev/sdc
в 3907029168 (физический максимум в моем случае).
Теперь я могу получить доступ к разделу, как обычно. Только тот 1 МБ моих данных был удален из-за резервного копирования BIOS. Я смог найти больше информации о HPA по этой ссылке .