Я хотел бы, чтобы X11 запускался и продолжал работать, когда Windows запускается
Найдите ярлык «XWin Server» и скопируйте его в соответствующую папку автозагрузки.
Ярлык запускает следующую команду:
C:\cygwin\bin\run.exe --quote /usr/bin/bash.exe -l -c "cd; /usr/bin/startxwin"
Если вам нужно создать ярлык самостоятельно, измените расположение каталогов соответствующим образом.