Используя Nirsoft LastActivityView (довольно страшная программа, кстати), я мог выяснить, к каким файлам и папкам я недавно обращался. Поскольку он перечисляет их по дате и времени, можно было игнорировать то, что я делал после того, как возникла проблема с загрузкой (то есть сегодня в моем случае). Сортировка по полному пути также была полезна.
При поиске папок и файлов по новым буквам дисков я смог создать сопоставление для всех пяти букв дисков.
Затем я вошел в управление дисками и переназначил буквы дисков.