Вы можете сделать что-то такого рода:
DELETE FROM table WHERE rowid NOT IN ( SELECT MIN(rowid) FROM table GROUP BY col1, col2 )
Замените таблицу на таблицу, в которой вы ищете, col1 и любые другие столбцы, которые вам нужны, чтобы классифицировать что-то как дубликат, и rowid с любым столбцом индекса.