Поскольку mkdir является внутренней командой для CMD, а не исполняемым файлом, найденным в PATH, она доступна только из CMD. Однако вы можете запустить новый процесс cmd и передать команду в качестве аргумента. В поле запуска вам нужно будет набрать:
cmd.exe / c mkdir C: \ Users \% USERNAME% \ Foo