Есть ли в Diff.exe переключатель, чтобы игнорировать Target?
Да.
--no-dereference
Действуйте сами по символическим ссылкам вместо того, на что они указывают. Две символические ссылки считаются равными только тогда, когда каждая указывает на одно и то же имя.
Сравнение и слияние исходных файлов - опции для сравнения
Разумно ли говорить Диффу игнорировать цель?
Только ты можешь ответить на это. Это зависит от того, чего вы пытаетесь достичь.