Оказывается, что f.lux был непосредственной причиной, хотя это не вызывает проблем для меня в любой другой системе.
Переключение f.lux в безопасный режим устраняет мерцание, хотя истинная причина, по-видимому, заключается в том, что каждое приложение на рабочем столе должно перерисовываться, когда оно получает уведомление об изменении цветового профиля.